W 1793 roku pruskie Ministerstwo Wojny wysłało do Kalisza majora Schacka, oficera kadetów berlińskich, z poleceniem zapoznania się na miejscu ze stanem technicznym tej budowli, sporządzenia planów przeróbki i - jak byśmy dziś powiedzieli - kosztorysu inwestorskiego. Dwór pruski przeznaczył na to przedsięwzięcie 26 tysięcy talarów, a reszta kosztów miała być pokryta z rządowego funduszu celowego. W sumie koszty przebudowy wyniosły 75 tysięcy.

Pierwsi kadeci trafili do Kalisza w roku 1795. Było ich dwunastu, a do tego dwóch guwernerów, kilku urzędników i dyrektor szkoły, dla którego urządzono w niej mieszkanie. Prace dobiegły końca w roku 1797, przy czym Korpus Kadetów liczył już wówczas ok. 100 słuchaczy. Na jego czele stał oficer sztabowy jako rządca, a kadrę tworzyło 2 kapitanów, 12 guwernerów, 2 nauczycieli, 2 nauczycieli języka niemieckiego, 1 nauczyciel tańca, 1 lekarz (chirurg), kilku podoficerów i obsługa, w tym kobiety, które zajmowały się czesaniem kadetów.

Warto przytoczyć tu w charakterze ciekawostki fragment regulaminu, który zalecał m.in.:

1. Aby dzieci były przyjmowane pochodzenia szlacheckiego, rodem z prowincyi Prus południowych, wieku między 8 i 10 laty. 2. Aby były podzielone na dwie klasy naukowe. 3. Aby się uczyły języków niemieckiego i francuskiego, początków arytmetyki i geografii, historyi brandenburskiej i historyi naturalnej. 4. Aby, ukończywszy owe dwie klasy, przechodziły do Korpusu Kadetów w Berlinie, gdzie miały słuchać wyższego kursu nauk, potrzebnych przyszłemu oficerowi piechoty i jazdy oraz ćwiczyć się w mustrze.

Wkrótce w gronie kadetów znaleźli się również chłopcy wywodzący się z innych regionów kraju niż tylko Prusy południowe. W 1804 roku liczbę kadetów zwiększono do 125, a liczbę guwernerów do 15. Roczny budżet Korpusu wynosił blisko 17 tysięcy talarów. Jak podaje Jan Wąsicki, w szczytowym okresie istnienia szkoły liczba samych tylko kadetów pozostających na utrzymaniu rządu pruskiego wzrosła do 200, nie licząc tych, którzy pozostawali na utrzymaniu własnym. Wymogi działań wojennych i wkroczenie do Wielkopolski wojsk napoleońskich wkrótce wpłynęły jednak na zmianę tego stanu rzeczy. W szkole kaliskiej było wielu kadetów pochodzenia niemieckiego i tych odesłano do Berlina. Kilkunastu kadetów Polaków przeniesiono do szkoły w Chełmnie, gdzie zwolniło się wiele miejsc z powodu zaciągu do nowych batalionów wschodnio-pruskich. W efekcie liczba kadetów w szkole kaliskiej w 1806 roku spadła do 80, jednak tym razem była ona bardziej jednolita pod względem narodowościowym, bo zdecydowaną większość tworzyli Polacy.

Po utworzeniu Księstwa Warszawskiego korpusy kadetów w Kaliszu i w Chełmnie przeszły pod zarząd polskiej Komisji Rządzącej, która opiekę nad szkołą i jej wychowankami powierzyła prezesowi Izby Edukacyjnej i generałowi artylerii Stanisławowi Potockiemu. Potocki rozszerzył zakres kształcenia i podwyższył płacę nauczycielom. Bardziej istotną zmianą było jednak dopuszczenie do kształcenia dzieci spoza stanu szlacheckiego. Dostęp do szkoły został otwarty dla wszystkich warstw ówczesnego społeczeństwa z tym, że pierwszeństwo mieli synowie zasłużonych wojskowych, oraz urzędników cywilnych i obywateli, którzy "ponieśli straty wskutek wypadków politycznych". Dopiero na czwartym miejscu znaleźli się - jak pisze Gembarzewski - "młodzieńcy okazujący większe zdolności i przygotowanie w naukach". Wzrósł też próg edukacyjny przy przyjmowaniu do szkoły. Korpus Kadetów pod zarządem pruskim przyjmował nawet dzieci nie znające liter, co w pewnym sensie ułatwiało późniejszą indoktrynację kulturową i polityczną. Wychowankowie tacy byli kształceni konsekwentnie w przywiązaniu do języka i tradycji niemieckich. Zarząd polski wprowadził wymóg, aby kandydaci umieli czytać po polsku, znali podstawy polskiej ortografii i cztery działania arytmetyczne. Wiek kandydata określono w przedziale od lat 10 do 16.

W początkowym okresie istnienia Księstwa Warszawskiego komendantem szkoły był jeszcze pruski major Berg, który jednak w roku 1808 podał się do dymisji. Na jego miejsce mianowano pułkownika Podczaskiego. W latach 1808-1813 kaliski Korpus Kadetów ukończyło 70 oficerów piechoty i jazdy. Krytyczny okazał się rok 1813, gdy po wkroczeniu obcych wojsk rząd warszawski zmuszony został do opuszczenia kraju, a fundusze na utrzymanie szkoły zaczęły napływać nieregularnie. Na te kłopoty nałożyła się śmiertelna choroba komendanta, pułkownika Podczaskiego. Blisko połowa kadetów odesłana została do rodzinnych domów, aby zabezpieczyć utrzymanie uboższym wychowankom.

W czasach Królestwa Kongresowego korpus uznany został za instytut cywilno - wojskowy i podlegał początkowo Wydziałowi Oświecenia Publicznego, a od lipca 1817 r. Komisji Rządowej Wyznań i Oświecenia Publicznego. Wiek rekrutowanej młodzieży określono na 12-13 lat, zaś pierwszeństwo w przyjmowaniu mieli synowie oficerów i urzędników państwowych. Oni też korzystali najczęściej z tak zwanych miejsc fundowanych czyli zwolnionych od wszelkich opłat. Liczba słuchaczy wahała się w tym czasie od stu do dwustu, na co główny wpływ miał skromny budżet szkoły i ograniczone warunki lokalowe.

Stan ten trwał do 1820 roku, kiedy to na wniosek wielkiego księcia Konstantego, Aleksander I zatwierdził przedłożony mu plan reorganizacji Korpusu. Po tej zmianie nadzór nad szkołą objął ówczesny przewodniczący Komisji Rządowej Wojny gen. art. Maurycy Hauke.